Horní tvrz se nachází u severního konce návsi obce Kestřany, v sousedství dolní tvrze a zámku. Zámek je spolu s dolní a horní tvrzí chráněn jako kulturní památka. Památkově cenný areál byl rozšířen o hodnotný areál hospodářského dvora, který byl doprohlášen začátkem roku 2009.
Horní tvrz byla založena nejspíše ve druhé polovině 13. století a jejím prvním známým majitelem byl Albert z Kestřan připomínaný roku 1315. V roce 1540 Kestřany dostal v rámci pozůstalosti Jindřich ze Švamberka. Ten nechal horní tvrz opravit a sjednotil poplužní dvory ve vesnici. K panství v té době patřily statky Sudoměř, Dobev a od roku 1550 Zátaví. Správcem statku býval v letech 1552 a 1553 purkrabí Bedřich Kotlinský z Frydberka. Dolní tvrz byla nejspíše v té době upravena na pivovar.
Roku 1652 připadly Kestřany Františce Polyxeně, provdané za hraběte z Paaru. Stará tvrz novým majitelům nedostačovala, a proto si v jejím sousedství postavili kestřanský zámek.
Později kestřanské panství získali Schwarzenbergové, kteří je při pozemkové reformě v roce 1924 prodali Československým státním lesům a statkům. Ve druhé polovině 20. století byly v horní tvrzi až do sedmdesátých let byty. Poté se správcem areálu stalo Prácheňské muzeum. Od roku 1990 bylo vlastníkem tvrze Zemědělské družstvo Kestřany, které horní tvrz roku 2005 prodalo. Nový vlastník zahájil postupné opravy zdevastovaného areálu.
Horní tvrz Kestřany je přístupná celoročně v návštěvních hodinách. Záměrem majitele je i nadále pokračovat v započaté revitalizaci objektu a celého areálu s cílem vybudovat zde expozici „Život na středověké tvrzi". Je uvažováno o doprovodné expozici, která by připomněla rod Švamberků, za jehož působení tvrze získaly svojí středověkou podobu. Dále pokračují průzkumy tvrze, které mohou výrazně přispět k poznání o vývoji tvrzí a drobných sídel v jižních Čechách.
Kolem tvrze jsou nově vysázeny vinice a návštěvníkům je k dispozici přilehlý park.
