Kostel sv. Jana Křtitele byl do Českého Jiřetína přemístěn z obce Fláje v roce 1969, a to v souvislosti se stavbou přehrady. Původní základy kostela nadále stojí na svém místě a nejsou zatopeny vodou. Kostel stál ve Flájích na místě staršího kostela ze 14. století.
Historie památky je spojena s protestanty, kteří zde měli ještě v roce 1653 luteránskou modlitebnu. V roce 1667 povolal do Flájí pražský arcibiskup Jan Bedřich z Valdštějna kapucínské misionáře, aby urychlili proces rekatolizace. V roce 1670 byl pro Fláje jmenován první farář, za jehož působení byla modlitebna změněna v katolický kostel. Již roku 1669 byl kostel opraven, zvětšen o nový presbytář, opatřen nižší věžičkou a uvnitř zkrášlen. Po rekonstrukcích byl kostel slavnostně vysvěcen dne 23. 10. 1670.
Jedná se o jednolodní stavbu s trojbokým presbytářem a předsíňkou. Po přenesení do Českého Jiřetína čekal kostel na rekonstrukci více než čtvrt století. V roce 1996 byl znovu vysvěcen. Bohoslužby se v něm konají nepravidelně (každoročně poutní mše v patronální svátek sv. Jana Křtitele).
V kostele je umístěna expozice, dokumentující život v Krušných horách.
Část cenného původního vybavení je k vidění v mosteckém Oblastním muzeu.
Zdroj informací poskytl PaedDr. Josef Šebetovský, správce webových stránek www.drevenekostely.tode.cz.
